宇宙戦艦潜入作戦2は縦スクロールシューティング。敵宇宙戦艦の10区画を突破しながら最深部の中枢核オメガを撃破するのが最終目標。各区画の最後にボスが登場し、全撃破でクリア。ゲーム内資金でステージ中に砲台を強化する仕組みがある。
通常弾は自動連射。ボムは範囲攻撃でボス撃破の切り札。
| 区画 | エリア名 | ボス |
|---|---|---|
| 第1区画 | 外殻ハッチ | 巨大戦闘機母艦 |
| 第2区画 | 格納庫 | 装甲重砲要塞 |
| 第3区画 | 装甲回廊 | 高速突撃艇 |
| 第4区画 | 動力炉 | 可動砲列 |
| 第5区画 | 砲塔甲板 | 双子砲塔 |
| 第6区画 | 輸送区 | 改・母艦 |
| 第7区画 | 迎撃区画 | 重砲要塞改 |
| 第8区画 | 中枢隔壁 | 深部突撃艇 |
| 第9区画 | 司令橋 | 双子砲塔改 |
| 第10区画 | 中枢核 | 中枢核オメガ |
ミッション「中区到達」は第5区画到達で達成。「最深制覇」は第10区画クリアで達成。
| ミッション名 | 条件 | 報酬 |
|---|---|---|
| ✈️ 初撃墜 | 敵を累計1体撃墜 | +50 CR |
| 💥 掃討 | 敵を累計100体撃墜 | +250 CR |
| 🔥 殲滅者 | 敵を累計500体撃墜 | +700 CR |
| 👾 守護体撃破 | ボスを1体撃破 | +200 CR |
| 🏅 守護体狩り | ボスを累計5体撃破 | +600 CR |
| 🚀 中区到達 | 第5区画に到達 | +500 CR |
| 🏆 最深制覇 | 第10区画をクリア | +1,500 CR |
| ⭐ 高得点 | 1プレイで20,000点達成 | +400 CR |
火力と連射を最大強化すると全ボスのDPS（毎秒ダメージ）が倍増する。序盤の必須投資。
ボムは「詰まったら即使う」が基本。ボス戦でボムを温存していると余分なダメージを受ける。ボム搭載Lv3で補充量を確保してから惜しまず使う。
オプション機Lv2で随伴機が2機になり実質3機分の弾幕を張れる。拡散ユニットと組み合わせると画面全体をカバーできる。
区画6以降は弾速・弾密度が急上昇する。スラスターLv2〜3がないと回避が困難になる。
サルベージ（1,500CR）でCRを1.5倍にし、回収装置（700CR）でゲーム内アイテムも自動収集。この2つが揃うと全強化ルートへの到達が加速する。
全ミッション中最大報酬は「最深制覇」の1,500CR。全装備Lv最大で挑むと区画10もクリア圏内に入る。